2004年
1月6日:　广州分院发文，同意陈勇兼任华南植物园管理有限责任公司董事长；周国逸、傅德志、任海兼任华南植物园管理有限责任公司董事；上述兼职人员不享受公司待遇。
1月25日:　英国皇家学会Edwards Diane 院士访问华南植物园。
2月5日:　香港科普组织机构组团访问华南植物园，并与华南植物园探讨科普教育合作事宜。
2月19日:　邢福武研究员获第七届广东省丁颖科技奖。
2月21日:　华南植物园召开“数字植物园”研讨会。
3月10日:　中科院副院长陈竺视察华南植物园。
3月10日:　由魏孝义研究员等申报的“番荔枝内酯抗癌有效部位药及其制备方法”获国家发明专利授权（专利号：ZL01107594.5）。
3月11日: 植物园成立5个研究中心，并任命：张奠湘任系统演化植物学研究中心主任；周国逸任生态学研究中心主任（兼）；蒋跃明任植物资源与生物技术研究中心主任；廖景平任园林园艺学研究中心主任（兼）；魏孝义任科研支撑中心主任，张征、徐信兰任副主任。
3月16日:　段俊研究员等培育的杂交水稻新组合中优523和中优238（与广东省肇庆市农科所合作申报），超甜玉米新组合南甜2号和中甜1号（与东莞农业种子研究所合作申报）等4个农作物新品种通过广东省品种审定委员会的审定。
3月22日:　原中纪委副书记徐青参观华南植物园。
3月26日:　中科院副院长李家洋视察华南植物园。
4月3-15日:　著名植物学家、德国慕尼黑Ludwig-Maximilian大学系统植物学主席、植物博物馆馆长、Nymphenburg植物园主任Susanne S. Renner教授访问华南植物园。
4月9-16日:　澳大利亚园林园艺学家Ben Wallace博士应邀访问华南植物园，并参与澳洲植物园的规划设计工作。
4月10日-5月21日:　华南植物园举办首届“木兰花观赏节暨珍稀濒危植物展”。
4月12日:　华南植物园大型展览温室建设方案揭晓，来自法国的瑞奇公司的“木棉花”造型中标。
4月28日: 经园党政会议研究，园主任任命：魏平、王远球、李定强（兼）、贾建业（兼）任中国科学院华南植物园主任助理。
4月28日:　任海博士获第六届“广东青年五四奖章”。
4月28日:　华南植物园标本馆扩建工程竣工并通过中科院组织的专业验收。
4月:　华南植物园举办省直离退休干部“申亚”集体签名活动。
5月12日:　中科院副院长江绵恒视察华南植物园。
5月13日:　中纪委驻中科院纪检组组长王德顺视察华南植物园。
5月20日:　英国著名生态学家Sandra Brown教授访问华南植物园。
5月21日:　广州市人民政府在华南植物园召开华南植物园共建工作协调会。
6月9日:　彭少麟研究员主持完成的“广东省主要农情动态监测与快速预报研究”项目获2003年度广东省科学技术一等奖（华南植物园为第三完成单位）。
6月20日:　中科院副院长陈竺、院生物局局长康乐应邀在华南植物园作学术报告。
6月21日:　华南植物园进行领导班子换届考核，中科院副院长陈竺发表重要讲话。
6月21日:　为推动共建工作，中科院秘书长李志刚率院工作组到华南植物园现场办公。
7月6-11日:　由中科院华南植物园和广东省植物学会共同主办的“植物学命名法规研习班”在华南植物园举行。
7月16日:　广东中科琪林股份有限公司更名为广东中科琪林园林股份有限公司。
8月17日:　全国人大副委员长、中科院院长路甬祥视察华南植物园并发表重要讲话。
8月26日:　国务院参事、中科院可持续发展研究专家牛文元教授考察华南植物园。
8月26日:　中国第一个网络科普联盟—中国科学院网络科普联盟在北京成立；华南植物园应邀成为第一批会员。
8月9日:　华南植物园任命：周国逸任鼎湖山森林生态系统定位研究站站长（兼）；傅声雷任鹤山丘陵综合试验站站长；任海任小良热带海岸带生态研究站站长（兼）。
9月2日:　博士生王英强及其导师张奠湘、陈忠毅研究员的新发现：“滑动自花授粉—一种全新的自花授粉机制”在《Nature》杂志上发表。中科院副院长陈竺，全国人大副委员长、九三学社中央委员会主席韩启德先后发来贺信表示祝贺。
9月5日:　段俊研究员等申报的“猪笼草的组织培养繁殖方法”获国家发明专利授权（专利号：ZL03114207.9）。
9月12日:　国家自然科学基金委员会主任陈宜瑜视察华南植物园。
9月15日:　曾宋君、段俊研究员等申报的“蝎尾蕉的组织培养繁殖方法”获国家发明专利授权（专利号：ZL03114209.5）。
9月20日-12月20日:　华南植物园与天河区文化局、天河区文化馆联合举办“人与自然摄影大赛”。
9月22日:　叶万辉研究员等申报的“外来植物入侵的若干机制研究”项目获得国家自然科学基金重点项目资助，这是华南植物园第一次独立主持承担国家基金重点项目。
9月28日:　经国家建设部批准，华南植物园下属的广东中科琪林园林股份有限公司获城市园林绿化一级资质企业（试行期两年）。
9月30日:　华南植物园任命：陈海山、王远球、廖景平任华南植物园管理公司（暂名）董事会董事，陈海山任副董事长。
10月27日:　任海研究员等申报的“受污染或营养化水体的治理方法”获国家发明专利授权（专利号：ZL02115236.5）。
10月29-30日:　知识创新工程试点国家评估专家组到华南植物园进行评估与调研。
11月15日:　蒋跃明研究员获得国家杰出青年科学基金资助，这是华南植物园获得的第一个杰青项目。
11月16日:　中科院任命：陈勇任华南植物园主任（任期四年），任海（兼）、周国逸、赵南先任副主任（任期四年）。
11月16日:　华南植物园主持的首个广东省自然科学基金团队项目“珠江流域典型退化土地的生态恢复与环境效益研究”通过由省科技厅组织的结题验收。
11月22日:　华南植物园成立新一届学位评定委员会。主任：周国逸；成员：段俊、傅声雷、葛学军、蒋跃明、李志安、廖景平、莫江明、彭少麟、任海、魏孝义、吴国江、叶万辉、夏念和、张奠湘、赵平。
11月24日:　彭少麟研究员等申报的“2、3-环氧-1-羟基-4、9-大根香叶二烯-12、8：15、6-双内酯作为除草剂的应用”获国家发明专利授权（专利号：ZL02134423.X）。
11月29日:　华南植物园申报的广东省数字植物园重点实验室获准立项。实验室首任学术委员会主任为孙九林院士，实验室主任为任海研究员。
11月:　任海研究员被中科院授予“中国科学院科普工作先进工作者”。
12月15日:　中科院副院长陈竺视察华南植物园。
12月6-16日:　华南植物园举办国际植物园保护联盟（BGCI）之华南植物园冬季培训班。
12月:　华南植物园专家发现“森林杀手”金钟藤入侵广州。
12月:　华南植物园植物组织培养技术试验开发中心被中共广东省直属机关工作委员会授予2002－2004年度“省直机关文明单位”荣誉称号。