2000年
1月21日-2月20日:　首届中国植物园珍奇植物展在华南植物园举行，15个植物园提供珍稀植物品种参展。
2月:　华南植物园被共青团广东省直属机关工作委员会、广东省直属系统青年联合会认定为“广东省直属机关青年科普教育基地”。
4月:　彭少麟研究员获第七届“中国科学院竺可桢野外科学奖”和“全国先进工作者称号”。
5月12日:　省直团工委在华南植物园举行主题为“相约在五月的花海”的大型青年联欢活动。
5月:　　周国逸博士获第二届广东省青年“五四奖章”。
6月6日:　中科院任命：赵南先任华南植物所常务副所长；周国逸、郭少聪任副所长。
6月21日:　华南植物所成立新一届学位评定委员会。主席：赵南先；委员：周国逸、彭少麟、叶万辉、夏念和、张奠湘、刘念、陈贻竹、黄忠良、魏孝义、蒋跃明、骆世明。
6月21日:　华南植物所成立资深科学家学术指导委员会。主席：梁承邺；副主席：吴德邻 林植芳；委员：丁明懋、王以柔、王爱国、孔国辉、叶秀粦、孙谷畴、朱亮锋、刘鸿先、吴七根、余作岳、陈忠毅、李耿光、李毓敬、杨仁洲、林有润、胡启明、凌定厚、郭俊彦、曾碧露。
7月3日:　华南植物所任命：赵南先任华南植物园主任（兼）；陈海山任副主任；叶万辉任鼎湖山国家级自然保护区管理局局长（鼎湖山树木园主任），莫江明任常务副局长（副主任），黄忠良、魏平任副局长（副主任）。
7月:　博士生李洪清的博士学位论文被评为“全国优秀博士学位论文”。
8月2日:　华南植物所任命：王远球任所长助理兼办公室主任，陈淑君任办公室副主任（政务）；张征任计划科研财务处常务副处长，黄宁清、郑祥慈任计划科研财务处副处长；龚晓萍任国有资产管理处常务副处长，陈健驹任国有资产管理处副处长；邓了因任人事教育处副处长；莫汉坤任开发处处长。
8月2日:　华南植物所设置如下职能部门：办公室、计划科研财务处、国有资产管理处、人事教育处、开发处。
8月18日:　华南植物所成立新一届学术委员会。主任：赵南先；副主任：周国逸；委员：梁承邺、胡启明、吴德邻、凌定厚、余作岳、彭少麟、叶万辉、黄忠良、蚁伟民、夏念和、张奠湘、陈海山、葛学军、刘念、陈贻竹、蒋跃明、魏孝义、段俊、康乐、韩兴国、傅德志、郝小江、黄宏文；秘书：张征、郑祥慈。 9月6日:　中国工程院院士冯宗炜研究员到华南植物所考察并开展学术交流。
9月7日:　华南植物所鹤山—小良课题组被中共广东省委、省人民政府授予“广东省先进集体”荣誉称号。
9月19日:　中科院副院长江绵恒在院高技术局局长桂文庄、广东省科技厅厅长方旋、广州分院党组书记杨新潮、常务副院长彭少麟和副院长郭俊的陪同下视察华南植物所。
9月22日:　华南植物所被中科院全民健身工作领导小组授予“全民健身工作优秀单位”荣誉称号。
10月17-20日:　全国首届“恢复生态学理论与实践高级研讨班”在华南植物所召开，海内外近100名科学家出席会议。
10月　彭少麟研究员主持的国家自然科学基金重大项目“中国东部陆地农业生态系统与全球变化相互作用机理研究”被国际地圈与生物圈计划（IGBP）列为核心研究项目，分类级为一等，开展该项目的中国东部南北样带被列为IGBP的第15条国际标准样带。
11月1－7日:　由Croucher基金会资助，香港浸会大学自然资源与废弃物管理研究所、中山大学生命科学院和华南植物所鹤山站共同举办的“废弃地的恢复和管理高级研讨会”在香港举行，10多个国家和地区的38名学者出席研讨会。会后，包括英国皇家学会会员、世界著名的恢复生态学家A. D. Bradshaw教授和英国利物浦大学的Nicholas Dickson教授在内的大部分代表参观考察鹤山站、鼎湖山站和小良站。
11月15日:　美国密苏里植物园Flora of China项目的合作者M.G. Gibert和N. Turland访问华南植物所。
12月12日:　华南植物所完成《中国科学院华南植物研究所知识创新工程方案》修订，并上报中科院生物局。
12月12日:　华南植物所任命：葛学军任系统演化植物学研究中心常务副主任，陈海山（兼）、廖景平、叶华谷任副主任；周国逸任植被恢复生态学研究中心主任（兼），任海任常务副主任，赵平任副主任；陈贻竹任资源植物学研究中心主任，魏孝义、段俊任副主任；周国逸任鼎湖山生态定位站站长（兼）；彭少麟任鹤山丘陵综合试验站站长（兼）；任海任小良生态定位站站长；陈海山任植物标本馆馆长（兼）,叶华谷任常务副馆长。 

　　1999年

1月6日:　华南植物所将6个研究室重组成3个研究中心：1）原分类学研究室、形态解剖学研究室组建成“系统与演化植物学研究中心”；2）原生态地植物学研究室建成“植物生态学研究中心”；3）原植物遗传学研究室、植物资源研究室和植物生理研究室组建成“农业与资源植物学研究中心”。
1月7日:　华南植物所任命：赵南先任系统与演化植物学研究中心主任，陈海山、廖景平任副主任；彭少麟任植物生态学研究中心主任，周国逸任常务副主任，叶万辉、赵平任副主任；陈贻竹任农业与资源植物学研究中心主任，魏孝义、段俊任副主任。
2月16日:　韦璧瑜申报的“高乌甲素的提取工艺”获国家发明专利授权（专利号：ZL93100499.3）。
6月16日:　华南植物所职能处室调整：所长办公室、党委办公室、保卫科合并成立所“综合办公室”；开发处常务副处长邓了因调任综合办公室副主任；党委办公室主任莫汉坤调任后勤处处长。
6月:　华南植物所任命：蚁伟民兼任鼎湖山国家级自然保护区管理局局长/鼎湖山树木园主任，莫江明任常务副局长（副主任），黄忠良、魏平任副局长（副主任）。
7月23日:　中科院生物局领导及评议专家组对华南植物所争取进入中科院80个“科研基地”所进行考评听证。
10月8日:　余作岳研究员主持完成的“热带亚热带植被恢复生态学研究”项目获中科院科技进步一等奖。
11月22日:　中科院院长路甬祥视察华南植物所，并为建所70周年题词：研究保护植物，开展利用种质资源。
11月:　华南植物园被中国科学技术协会认定为“全国科普教育基地”。
12月3日:　中科院鼎湖山森林生态系统定位研究站入选首批国家重点野外台站试点站。
12月15日:　华南植物所全所职工举行建所70周年庆典大会。
12月:　华南植物园被国家科技部、中宣部、教育部、中国科协认定为“全国青少年科技教育基地”。
本年:　彭少麟研究员主持完成的“森林动态学理论及其应用研究”项目获广东省自然科学一等奖。
本年:　吴德邻研究员主持完成的“南海岛屿植物区系的研究”项目获广东省自然科学二等奖。
本年:　林有润研究员主持完成的“菊科植物的系统分类、演化、区系地理及经济用途的研究”项目获广东省自然科学二等奖。  

　　1998年

1月12日:　中央领导黄丙乾同志视察华南植物所。
3月6日:　华南植物所任命：莫汉坤任所党委办公室主任；王远球任所长助理兼所办公室主任，翁轰任副主任；赵南先任所长助理兼计划科研处处长；张惠珍任人事处副处长；刘树林任后勤处处长，陈建驹任副处长；邓了因任开发处常务副处长，潘小娟任副处长；陈燕伶任服务中心经理，杨年祁、廖声辉任副经理；黄宁清任财务科长；陈振焕任保卫科长；陈忠毅任分类室主任（兼），夏念和任副主任；叶秀粦任形态室主任，廖景平任副主任；陈贻竹任生理室主任，孙谷畴任代主任，蒋跃明任副主任；周国逸任生态室主任，叶万辉、李志安任副主任；张凤仙任资源室主任，魏孝义任副主任；陈宝源任遗传室主任，朱西儒任副主任；林銮专任文献情报室主任；卢乃弟任公共实验室主任。
5月18-21日:　国际木兰科植物学术研讨会在华南植物园举行。
5月:　华南植物园被中共广州市委宣传部和广州市环境保护局认定为“广州市环境教育基地”。
6月29日:　中科院转发国务院文件，下达华南植物所植物学博士、硕士学位授权学科专业点。
7月17日:　朱亮锋等申报的“一种保鲜剂在水果保鲜中的用途”获国家发明专利授权（专利号：ZL88106953.1）。
7月:　华南植物园被中共广东省委宣传部和广东省环境保护局认定为“广东省环境教育基地”。
10月:　夏汉平副研究员和敖惠修高工获得由丹麦王国政府等4家国际机构联合颁发的“香根草研究与发展奖”的中“侵蚀控制”和“污染防治”2项大奖。
12月9日:　华南植物所任命：莫汉坤、王远球为所行政监察员，邝晓美为审计员。
12月16日:　刘玉壶研究员主持完成的“中国木兰科植物种质保存及开发利用研究”项目获中科院自然科学二等奖。
12月23-25日:　以院长、政府总理顾问勃·卡德拉院士为团长的蒙古科学院代表团一行6人访问华南植物园。
本年:　彭少麟研究员主持完成的“南亚热带森林植物生物量、生产力及能量利用效率研究”项目获广东省自然科学二等奖。
本年:　刘玉壶研究员主持完成的“中国木兰科植物种质保存及开发利用研究”获广东省自然科学二等奖。  

　　1997年

1月24日:　华南植物所举行全体党员大会，选举产生由陈忠毅、梁承邺、彭少麟、蚁伟民、董祖林、张凤仙、林有润组成的新一届党委成员；并选出由王远球、蚁伟民、何洁英、欧阳太、张凤仙组成的新一届纪委成员。
2月7-21日:　华南植物园与洛阳邙山花木种苗场合作，举办迎春牡丹花展。
3月18日:　中科院下达华南植物所439人编制。
5月:　华南植物园被广东省科学技术协会认定为“广东省植物学科学普及基地”。
6月5日:　华南植物所培养的第一位博士研究生任海通过博士学位论文答辩。
6月13日:　广州分院转发中科院批复通知，批准梁承邺所长兼华南植物所党委书记；蚁伟民为党委副书记兼纪委书记。
6月13日:　广州分院转发中科院批准通知，洪光华任华南植物所巡视员（正局级）。
9月12日:　彭少麟研究员被选为中国共产党第十五届全国代表大会代表，出席中共十五大会议。
11月17日:　华南植物所“综合档案目标管理”考评通过分院评审委的考评验收，被评为院二级。
12月26日:　中科院批准华南植物所鹤山丘陵综合试验站为院野外开放试验站。站长：彭少麟研究员，学委会主任：张新时院士。
本年:　吴兆洪研究员完成的“秦仁昌系统（蕨类植物门）的研究”项目获广东省自然科学二等奖。  

　　1996年

1月4日:　广州市常务副市长陈开枝主持召开市长办公会议，专题研究华南植物园火炉山石场关闭以后的有关遗留问题。
1月:　广东省副省长卢钟鹤视察华南植物所。
5月27日:　广东省学位委员会批准华南植物所生态学硕士学位授权点。
5月30日:　广州市常务副市长陈开枝主持会议，研究市建施公司火炉山石场停产后的有关遗留问题。会议指出，火炉山石场停产关闭是市政府服从大局，执行省人大决定的坚决措施。
6月5日:　华南植物所任命：林有润任华南植物园主任，樊汉明、董祖林、郭少聪任副主任；孔国辉任鼎湖山树木园主任，石国樑、黄忠良、莫江明任副主任。  

　　7月4日:　广东省人大主任朱森林在广州分院院长谢先德的陪同下，视察华南植物所。
8月30日:　华南植物所成立“档案目标管理”领导小组，并成立“综合档案室”，统一管理、存放科研、文书、基建、财务等档案。
秋　中科院常务副院长路甬祥为华南植物园建园40周年题词：南国植物宝库 花城科研园地。
10月7日:　华南植物所任命：莫汉坤任党委办公室主任。
10月10日:　华南植物所任命：彭少麟任所长助理；王远球任所办公室主任，翁轰任副主任；赵南先任科研计划处副处长；张惠珍任人事处副处长；刘树林任后勤处处长，陈建驹任副处长；邓了因任开发处常务副处长，潘小娟任副处长；陈燕伶任服务中心经理，廖声辉、杨年祁任副经理；陈国铿任基建办公室主任；黄宁清任财务科副科长；陈振焕任保卫科科长。
10月10日:　华南植物所任命：郭少聪任华南植物园开发中心总经理，董祖林任副总经理。
10月:　中科院院长周光召为华南植物园建园40周年题词：开展科普，保护植物。
11月15-29日:　应台湾“中研院”植物研究所所长周昌弘的邀请，陈忠毅副所长、郭俊彦和刘玉壶等3位研究员赴台进行学术交流。
11月26日:　梁敬昆研究员主持完成的“博优210及相关理论研究”项目获中科院科技进步二等奖。
11月:　国务委员兼国家科委主任宋健为华南植物园建园40周年题词：保护热带植物，发展生物科学。
12月2日:　华南植物所在标本馆隆重举行陈焕镛院士铜像安放揭幕仪式。中科院资环局副局长佟凤勤、昆明植物所名誉所长吴征镒院士为陈焕镛铜像揭幕。来自全国各地和香港地区的代表200多人出席的揭幕仪式。
12月2日:　华南植物所举行华南植物园建园40周年庆典活动，中科院资环局副局长佟凤勤及广东省政协副主席王屏山等到场祝贺。出席庆典的各界贵宾知名人士200多人。
12月3-6日:　首届南方棕榈节在华南植物园举行。
12月5日:　第一届中国木兰科植物学术研讨会暨广东省植物学会木兰分会成立大会在华南植物园召开。
12月11日:　中科院副院长白春礼视察华南植物所。
12月18日:　华南植物所任命：陈忠毅兼任分类室主任；叶秀粦任形态室主任；陈贻竹任生理室主任，孙谷畴任代主任，蒋跃明任副主任；彭少麟任生态室主任，周国逸任副主任；张凤仙任资源室主任，魏孝义任副主任；陈宝源任遗传室主任，朱西儒任副主任；林銮专任文献情报室代主任；卢乃弟任公共实验室主任。
12月18日:　华南植物所成立专业技术岗位职务聘任委员会。主任：梁承邺；副主任：洪光华；委员：陈忠毅、郭俊彦、林植芳、林有润、孔国辉、彭少麟、龚义福、朱亮锋、凌定厚、赵南先、张惠珍。
12月24日:　华南植物所成立新一届学术委员会。主任：林植芳；副主任：吴七根；秘书：张树藩、赵南先；委员：梁承邺、陈忠毅、郭俊彦、胡启明、吴德邻、刘鸿先、凌定厚、孔国辉、朱亮锋、林有润、彭少麟、周国逸、李毓敬、黄毓文、叶秀粦、樊汉明、王爱国、李耿光、杨仁洲、孙谷畴、卢永根、李宝健、吴征镒。
12月:　原中科院院长卢嘉锡为华南植物园建园40周年题词：衷心祝贺华南植物园建园四十周年 艰苦创业 再铸辉煌。
本年:　王爱国研究员主持完成的“植物氧代谢研究”项目获广东省自然科学二等奖。