2009年国庆期间，华南植物园以六大主题活动庆祝祖国六十华诞。1. 三大“国庆花”庆国庆：高山/极地植物室展出美洲“国庆花”——波斯菊；生物园展出中国“国庆树”——复羽叶栾树；姜园展出中国“国庆花”——红球姜。2. 世界三大沙漠花卉贺国庆：沙漠植物室内来自美洲、非洲、澳洲世界三大沙漠的非洲霸王树、大花犀角、剑龙角、巨鹫玉、麒麟花、半岛玉等争奇斗艳。3. 世界珍奇植物吟国庆：大草坪展馆举办珍奇植物展。本次展览共展出珍稀奇异植物200多种，包括国家重点保护植物见血封喉、老虎须等，广东特有植物绣球茜、虎颜花等，著名南药巴戟天、两面针等，著名外来观赏植物秋石斛系列、多浆植物系列，其中绣球茜等多种植物在我国是首次展出。4. 雨林土著歌舞颂国庆：十一期间，热带雨林室进行佤族土著歌舞表演，竹竿舞、长发舞、上刀山等节目精彩纷呈。5. 植物王国仪仗队舞国庆。6. 二十花仙子耀国庆。
　  中秋节当晚（10月3日），华南植物园将组织大型灯谜活动，谜面为各种植物、花卉知识，游客可以在赏月的同时赏灯猜谜，奖品包括各种家用电器、自行车、植物园年卡、金卡等。温室群景区将举行“林中寻宝”游戏，游客在“雨林”、“沙漠”、“极地”、“水下森林”内游览穿梭，寻找各种“宝藏”，找到的游客可获神秘大奖。