中国科学院华南植物园园徽为华南植物园的形象标识。园徽以热带亚热带棕榈科植物琼棕(Chuniophoenix hainanensis Burret)、“1929”四个阿拉伯数字和“中国科学院华南植物园”中英文字体作为构图的主体。采用琼棕叶片为纪念我园创始人陈焕镛院士(琼棕又称陈氏棕，是德国植物学家为表彰陈焕镛院士在植物分类学上的造诣和贡献而用其姓氏来命名该新属植物)，并寓意华南植物园从事热带亚热带植物学和生态学研究的定位。“1929”表示研究所的创建年份。外面的套圈内为圆形，外为平滑的菱形，是植物花图式的变体，既体现植物科学研究的内涵，又给人以一种热烈、和谐、大气的美感。侧面观的叶片为一展翅高飞的凤凰，意喻攀登科学高峰。此外，园徽采用了绿色和蓝色两种颜色，意喻植物与环境和谐共处。